Fluoreszenz ist ein Vorgang, bei dem eine Substanz nach Absorption von Licht (Photonen) eine Strahlung, deren Wellenlänge (Farbe) größer als die des eingestrahlten Lichtes ist, aussendet und die nach Wegfall des Erregerlichtes sofort erlischt. Dieser Prozess ist die Grundlage für die Fluoreszenzmikroskopie und ihre Verfahren.
Neben dieser „klassischen“ Fluoreszenzanregung im Lichtmikroskop kann man heute mit der modernen Technologie der konfokalen Laserscanning-Mikroskopie den gleichen Emissionseffekt durch eine Zwei- oder Mehrfach-Photonenanregung mit Wellenlängen, die grösser als die des emittierten Lichtes sind, erzielen. – Fluoreszenz tritt entweder als Eigenfluoreszenz biologischer und/oder anorganischer Strukturen auf oder, als sog. Sekundärfluoreszenz, nach Vorbehandlung der Präparate mit Farbstoffen (Fluorochrome, Fluoreszenzmarker).