Los microscopios de fluorescencia utilizados en aplicaciones de investigación se basan en la utilización de un conjunto de filtros ópticos:

• un filtro de excitación
• un divisor de haz dicroico y
• un filtro de emisión

Los filtros a menudo están conectados entre sí en un bloque de filtros (microscopios compuestos) o en un soporte plano (principalmente microscopios estereoscópicos). 

Mientras que el filtro de excitación selecciona las longitudes de onda para excitar un fluoróforo concreto dentro de la muestra, el filtro de emisión actúa como una especie de control de calidad al dejar pasar solo las longitudes de onda de interés emitidas por el fluoróforo. La función del espejo dicroico es reflejar la luz en la banda de excitación y transmitir la luz en la banda de emisión, lo que permite la utilización clásica de la fluorescencia en epiiluminación.

Para adquirir imágenes fluorescentes, es necesario utilizar la cámara de fluorescencia CCD o sCMOS adecuada.

Leica Microsystems ofrece cámaras de fluorescencia dedicadas para todas las necesidades aplicativas.

Cada cámara proporciona la combinación perfecta de sensibilidad y calidad de imagen para garantizar unos resultados excelentes.

La microscopía de fluorescencia se ha convertido en el fenómeno físico más importante en la medicina y la biología modernas.

Tras un lento comienzo, la posibilidad de tinciones específicas con fluorescencia impulsó esta aplicación a principios de los años 30 del siglo pasado. Hacia 1950, tuvo lugar una segunda fase con la invención del marcaje de inmunofluorescencia.

La imagen funcional, principalmente mediante sondas de Ca++, liberó al método de la restricción de ceñirse a imágenes morfológicas y estructurales. La posibilidad de crear materia viva con proteínas fluorescentes expresables y específicas revolucionó la microscopía de fluorescencia en una amplia e inesperada tercera fase.

En la actualidad, están emergiendo semanalmente nuevos métodos que usan características específicas de proteínas fluorescentes. Y por último, todos los modos de imagen en superresolución se basan en la fluorescencia.